Một xác ướp đàn ông trong KV55 được cho là của Akhenaten hoặc Smenkhkare. Chiếc sọ của xác ướp được xem xét bởi rất nhiều nhà nghiên cứu: Smith (1912), Derry (1931), Harrison (1966), Strouhal (1998/2010) và Filer (2001). Filer kết luận: "Người đàn ông này chưa trưởng thành hoàn toàn, ông qua đời trong độ tuổi 18 - 22"[8]. Derry kết luận tuổi của xác ướp khoảng 23 và Strouhal cho rằng độ tuổi từ 19 đến 22"[9].

Sau các kết quả phân tích ADN vào năm 2010, xác ướp đó được cho là của Akhenaten, nhưng vẫn còn nhiều hoài nghi. Một số nhà khảo cổ cho rằng, lăng mộ bị xáo trộn dưới các triều đại 19, 20 hoặc 21. Chính trong thời gian này, tên và hình ảnh Akhenaten đã bị phá hủy[10]. Có giả thuyết cho rằng, sau khi phá hủy xác ướp của Akhenaten, xác ướp của Smenkhkare được đặt vào quan tài của Akhenaten[11].